Národné centrum zdravotníckych informácií prevádzkuje od roku 2006 Informačný systém zdravotníckych indikátorov, ktorý vytvorila a dodala spoločnosť Softec, spol. s r.o. Tento systém zabezpečuje automatizovanú podporu základných procesov: návrh zisťovania, zber a spracovanie údajov. Papierová forma zberu dát je nahradená zberom prostredníctvom elektronických formulárov, resp. vystaveného dátového rozhrania s webovými službami na automatizované spracovanie dát. Okrem podpory pre spracovanie údajov štatistických zisťovaní sú súčasťou systému aj administratívne registre: Národný register poskytovateľov zdravotnej starostlivosti a Národný register zdravotníckych pracovníkov a niektoré národné zdravotné registre ako je Národný register pacientov s cievnym ochorením mozgu a Národný register pacientov so srdcovocievnym ochorením. Ďalšie zdravotné registre sa postupne do systému pridávajú.
V roku 2012 bol systém rozšírený o reportingový modul, ktorý umožňuje tvorbu multidimenzionálnych kociek, multidimenzionálne analýzy údajov i efektívnu tvorbu dynamických reportov v tabuľkovej, grafickej a mapovej forme a ich prezentáciu pomocou webového prehliadača. Modul umožňuje prezentovať prehľadným spôsobom údaje uložené v dátovom sklade NCZI, prepájať ich navzájom i prepájať ich s údajmi z iných zdrojov (napr. údaje získané zo ŠÚSR, ÚVZ, a pod.). Pripravované reporty predstavujú podklad pre publikáciu údajov aj pre poskytovateľov zdravotnej starostlivosti, ktorí sú primárnym zdrojom údajov.