Matúš Šesták pôsobí ako generálny riaditeľ sekcie digitalizácie a informatiky na ministerstve zdravotníctva, kde sa primárne venuje nastaveniu zlepšenia procesov a príprave projektov na podporu digitalizácie zdravotníctva v rámci plánu obnovy. Počas pandémie Covid 19 sa spolupodieľal na krízovom riadení a príprave aplikácie e-lôžko.

Pred nástupom na ministerstvo zdravotníctva pôsobil ako riaditeľ analytického útvaru Ministerstva vnútra SR, kde pracoval na reforme verejnej správy s osobitným zameraním na rozvoj a implementáciu pro klientsky orientovaných služieb. Na MVSR sa podieľal aj na príprave OP EVS (operačný program efektívna verejná správa), vybudovaniu najmodernejšieho KC na SR, príprave a realizácií viacerých národných projektov a správe OECD o stave VS na SR.  

Matúš Šesták má tituly z Inštitúcií, ekonomiky a politiky Európskej Únie Bolonskej Univerzity, Verejných vzťahov  Univerzity priateľstva národov v Moskve