Ján Budaj sa vo februári 1990 stal prvým predsedom VPN a v marci toho istého roku sa stal aj podpredsedom vtedajšej Slovenskej národnej rady (SNR), kde okrem iného inicioval založenie výboru pre životné prostredie. Viedol VPN k prvým slobodným voľbám v júni 1990 ako predseda hnutia a vedúci kandidát. V posledný deň volieb sa z kandidátky stiahol pre obvinenia o údajnej spolupráci s ŠtB.  Tieto informácie sa ale nepotvrdili. V roku 2007 sa v archívoch Ústavu pamäti národa našla oficiálna správa, v ktorej sa preukázalo, že tajný spolupracovník uvedený pod menom Ján Budaj v skutočnosti pracoval proti režimu.

V roku 1993 bol Budaj spoluzakladateľom Aliancie demokratov Slovenska (ADS). Po zlúčení s inými stranami vznikla Demokratická únia (DÚ), ktorá sa pred voľbami v roku 1998 stala súčasťou Slovenskej demokratickej koalície (SDK). Po voľbách bol poslancom Národnej rady Slovenskej republiky (NRSR) za SDK do roku 2002. Pôsobil aj ako podpredseda Výboru Národnej rady SR pre kultúru a médiá.

Ján Budaj, ako predseda strany Zmena zdola, kandidoval v roku 2016 za hnutie OĽaNO (Obyčajní ľudia a nezávislé osobnosti) Igora Matoviča a stal sa poslancom.

V parlamentných voľbách 29. februára 2020 kandidoval za zoskupenie strán a hnutí Obyčajní ľudia a nezávislé osobnosti (OĽaNO), NOVA, Kresťanská únia (KÚ) a Zmena zdola. Stal sa poslancom Národnej rady Slovenskej republiky (NR SR).

Ján Budaj bol členom mestského zastupiteľstva v Bratislave od roku 2006 do roku 2020 za volebný obvod Petržalka a v rokoch 2013 - 2014 pôsobil aj ako námestník primátora Bratislavy.

Prezidentka Zuzana Čaputová 21. marca 2020 vymenovala Jána Budaja za ministra životného prostredia vo vláde Igora Matoviča.